Фамилия Сишко — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках была настолько продуктивной, что стала едва ли не визитной карточкой украинской ономастики. Суффикс -к- в сочетании с окончанием -о (Сишк-о) превращал в фамилию любое прозвище или имя, придавая ему оттенок уменьшительности или принадлежности. В случае Сишко основа, скорее всего, восходит к имени Сидор (от греческого Исидор, «дар Исиды»), которое в народной речи сокращали до Сиш. Такая модель — от полного имени через усечение и добавление суффикса — типична для украинских фамилий: Тишко от Тихон, Мишко от Михаил, Данилко от Даниил.

Менее распространённая, но возможная версия связывает Сишко с прозвищем от диалектного глагола «сишкать» — шипеть, издавать шипящие звуки. В украинских говорах так могли назвать человека с невнятной речью, шепелявого или того, кто, например, шипел на лошадей. Однако первая гипотеза — от имени Сидор — выглядит убедительнее: в документах Переяславского полка XVIII века встречаются казаки с фамилией Сишко, и в тех же списках полно Сидоренко и Сидорчуков, что указывает на общий корень.

Географически фамилия Сишко плотно привязана к центральной и левобережной Украине — Полтавщине, Черниговщине, Киевщине. В российских переписях XIX века она почти не встречается, что говорит о её позднем и локальном бытовании. В польских источниках (на Волыни и Подолье) фамилия могла писаться как Szyszko, но это уже другая история — там основа «шишка» или польское szyszka (сосновая шишка).

Сословно носители фамилии — в основном казаки и крестьяне. Никаких дворянских гербов или графских ветвей у Сишко нет, что логично: фамилия слишком «короткая» и народная, чтобы попасть в родословные книги. Зато это делает её надёжным маркером: если вы Сишко, ваши предки почти наверняка жили в украинском селе и носили отчество Сидорович, которое со временем «сжалось» до прозвища, а затем и фамилии.