Фамилия Сисипаторов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью стёрлось, оставив после себя лишь словообразовательную загадку. На первый взгляд, перед нами типичная патронимическая модель с суффиксом -ов: Сисипатор + -ов. Но что такое «сисипатор»? В русском языке такого слова нет, и это сразу указывает на книжное, искусственное происхождение.

Скорее всего, основа восходит к латинскому или греческому корню. Вероятнее всего, перед нами искажённое или переосмысленное в семинарской среде слово «сисипатор» от лат. suscitator — «возбудитель», «побудитель» или «подстрекатель». В духовных училищах и семинариях XIX века было принято давать будущим священникам фамилии, образованные от латинских слов, часто с намёком на их будущую проповедническую деятельность. «Сисипаторов» могло означать «сын того, кто пробуждает (совесть, веру)». Звук «с» в начале вместо ожидаемого «су» — результат народной этимологии или особенности произношения в конкретной местности.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с греческим συσσημαίνω (sussēmainō) — «указывать вместе», «соглашаться». В таком случае прозвище могло закрепиться за человеком, который постоянно со всеми соглашался, «поддакивал». Однако для семинарской среды такая характеристика скорее отрицательная, поэтому версия с «побудителем» выглядит логичнее.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Если судить по географической привязке, основные следы ведут в южнорусские и центральные губернии — территории, где было много духовных училищ. Носитель фамилии с высокой вероятностью происходил из семьи священно- или церковнослужителей, где фамилию «сочинили» за партой, а не унаследовали от предка-ремесленника.

Суффикс -ов здесь работает не как указание на отчество от мирского имени, а как стандартный способ оформления фамилии для выходцев из духовного сословия. В отличие от крестьянских фамилий на -их/-ых или дворянских на -ский, семинарские фамилии часто выглядели «учёными» и неестественными для русского уха — Сисипаторов как раз из этого ряда.