Фамилия Сиушкина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Сиушкин. Она образована от прозвища или нецерковного имени Сиушка. В русской ономастике суффикс -к(а) часто указывает на уменьшительно-ласкательную или обиходную форму личного имени. В основе здесь, скорее всего, лежит каноническое имя Сила или Силуан. В просторечии эти имена могли трансформироваться: Сила превращалось в Силушка, а затем в более краткое Сиушка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Сиушкин, то есть сын или потомок Сиушки.

Менее вероятна, но возможна связь со словом «сиушка» — диалектным названием сивухи, плохо очищенного хлебного вина. В этом случае прозвище Сиушка мог получить любитель выпить или самогонщик. Однако для русских фамилий, образованных от названий напитков, более типичны суффиксы -ов/-ев (Сивухин, Бражников), а форма с -к(а) в основе встречается реже. Поэтому версия с именем Сила или Силуан выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, географически привязана к центральным и южным областям России. В дореволюционных переписях и метрических книгах Сиушкины встречаются в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях. Сословно это были преимущественно крестьяне и мещане — люди, чьи предки получили фамилию по имени деда или отца, а не по роду занятий. В написании иногда путают с фамилией Сивушкина (от «сивый»), но это разные корни.