Фамилия Сизонтова — женская форма от Сизонтов, а та, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Сизонт. В основе лежит редкое для русских фамилий окончание -онт. Это не типичный русский суффикс, а признак того, что корень мог быть заимствован или переосмыслен на русской почве.

Самый вероятный источник — каноническое имя Сисой. В просторечии оно звучало как Сизой, от прилагательного «сизый» (серо-голубой). От Сизой через уменьшительные формы (Сизоня, Сизонька) и появилось Сизонт — по аналогии с тем, как от имён Иван, Кондрат делали Ивант, Кондрат. Суффикс -ов присоединили к основе Сизонт, чтобы получить фамилию: Сизонтов — сын Сизонта. Женская форма Сизонтова, таким образом, означает «жена или дочь Сизонтова».

Менее правдоподобна, но возможна связь с греческим именем Созонт (от «созо» — спасать). В святцах есть мученик Созонт, но в народном произношении имя могло измениться до Сизонта под влиянием того же слова «сизый». Если это так, то фамилия восходит к церковному имени, а не к прозвищу, но фонетически обе версии ведут к одному звучанию.

Географически фамилия Сизонтова встречается нечасто, преимущественно в центральных и южных регионах России, где были сильны традиции нестандартных народных форм имён. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды: сложная модель образования (имя → уменьшительное → фамилия на -ов) типична для сельских общин, где человека называли по отцу или деду с прозвищем.