Фамилия Скалябина хранит память о прозвище дальнего предка — Скаляба. Это прозвище, в свою очередь, восходит к нарицательному слову «скалябина», которое В. И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет как «маленькая болячка, прыщ». Значение слова прямо указывает на первую, самую простую версию происхождения прозвища: так могли прозвать человека с проблемной кожей, и прозвище отражало особенности его внешности.

Однако более правдоподобной выглядит другая гипотеза. В народной традиции часто использовались так называемые охранительные имена-обереги. Родители, желая уберечь ребёнка от болезней и злых сил, могли наречь его Скалябой — то есть именем с deliberately неприглядным значением. Считалось, что злой дух не позарится на дитя с таким «плохим» прозвищем, а настоящая красота и здоровье останутся при нём. Так прозвище Скаляба, данное при рождении, закреплялось за человеком как основное бытовое именование.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Скалябин — это «сын Скалябы», потомок человека, носившего это прозвище. Модель образования типична для русских фамилий, сформировавшихся в среде простых сословий, где прозвища отца или деда часто становились основой для родового имени. Со временем прозвище Скаляба перестало употребляться в быту, но закрепилось в фамилии, которая по сей день передаётся из поколения в поколение и сохраняет память о происхождении рода.

Интересно, что фамилия Скалябина встречается реже, чем её «мужской» вариант Скалябин, и обычно указывает на женскую линию рода или на замужнюю женщину. Само слово «скалябина» сегодня почти вышло из живого употребления, и услышать его можно разве что в некоторых говорах, что делает фамилию своеобразным лингвистическим артефактом. Таким образом, носительница фамилии Скалябина может видеть в ней не просто родовое имя, а отголосок древних народных верований и свидетельство того, как наши предки через имя пытались повлиять на судьбу.