Фамилия Скалыгина — женская форма фамилии Скалыгин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Скалыга. Слово «скалыга» в русских говорах имело несколько значений, и почти все они — нелестные для человека. В словаре Владимира Даля «скалыга» — это скряга, скупец, жадный человек. В других диалектах слово означало «бродяга», «шатун» или «плут». Таким образом, прозвище Скалыга давали либо прижимистому хозяину, либо непоседливому человеку, который не сидел на месте.

Фамилия образована по самой распространённой русской модели: к основе на -а добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Скалыгин, то есть сын или потомок Скалыги). Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для основ, оканчивающихся на -а/-я, в отличие от -ов/-ев, которые присоединяются к основам на согласный. Эта модель — одна из древнейших, она фиксируется уже в XV веке в новгородских и московских документах.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в архангельских, вятских и пермских говорах, где слово «скалыга» было в ходу. Встречаются варианты написания с одной «л» — Скалыгин, но двойная «л» в современном варианте может объясняться влиянием просторечного произношения или случайным удвоением при записи в документах.

Интересно, что у фамилии есть семантический двойник — фамилия Скуратов, образованная от слова «скурат» (скупой). Но если Скуратовы известны по опричнику Малюты Скуратова, то Скалыгины — фамилия более «крестьянская», без громкой истории. Она не попала в дворянские родословные книги и не упоминается в старых боярских списках — её носителями были в основном крестьяне и посадские люди.

В современном русском языке исходное слово почти вышло из употребления, сохранившись лишь в диалектах. Поэтому для носителя фамилии Скалыгина она звучит скорее загадочно, чем оскорбительно — прозвищный смысл стёрся, осталась только фамильная форма.