Фамилия Скарбалис — одна из тех, что сразу указывает на географию и этническое происхождение носителя. Это типичная литовская фамилия, и её форма — с окончанием -ис — это литовский патронимический или посессивный суффикс, соответствующий русскому -ов/-ев или -ин. В литовском языке фамилии мужчин в именительном падеже почти всегда оканчиваются на -ас, -ис, -ус; Скарбалис — как раз вариант на -ис.

Основа фамилии — литовское слово «skarbas» (скарбас), которое означает «богатство», «казна», «сокровище» или «имущество». Это слово заимствовано из польского или белорусского языка (польск. skarb, белор. скарб), где оно имеет то же значение — казна, состояние, клад. В литовском языке это заимствование укоренилось и дало целое гнездо однокоренных слов: «skarbas» — богатство, «skarbinė» — сокровищница.

Таким образом, Скарбалис — это, скорее всего, прозвище, которое дали человеку, имевшему отношение к деньгам, казне или ценностям. Первый носитель мог быть казначеем, сборщиком податей, богатым купцом или просто зажиточным хозяином. Возможен и ироничный вариант: так могли прозвать скупого или, наоборот, расточительного человека — того, кто «всё богатство держит при себе». В литовской ономастике прозвища по имущественному положению — обычное дело, и Скарбалис вписывается в этот ряд.

Географически фамилия почти наверняка происходит из исторической Литвы или прилегающих территорий современной Беларуси, где сильно литовское влияние. Встречаются варианты написания: Скарбалюс, Скарбалис, а также полонизированные формы типа Скарбалевич. Сравните с однокоренными фамилиями Скарбек (польская) или Скарбовский (белорусско-польская) — они образованы от того же корня, но по другим моделям. Скарбалис же — самая «литовская» версия, с характерным окончанием, которое в русском языке часто передаётся без изменений.