Фамилия Скарликова — женская форма, а её мужской вариант — Скарликов. В основе, скорее всего, лежит прозвище или мирское имя Скарлик. Чтобы понять, откуда оно взялось, нужно разобрать корень «скарл-». Он не имеет прямого отношения к чему-то скармливаемому или к скарлатине, как может показаться на первый взгляд. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «скарла» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли скупердяя, скрягу. Скарликом тогда могли прозвать прижимистого или расчетливого человека.

Менее распространённая, но тоже правдоподобная гипотеза — связь с прилагательным «скарлый», которое в рязанских и тульских говорах означало «хилый, слабый, тщедушный». В этом случае прозвище Скарлик давали человеку невысокого роста или слабого здоровья. Третья, совсем редкая версия — от «скарла» как названия красной ткани (через итальянское scarlatto). Но тогда фамилия должна была бы писаться с двойным «т» (Скарлаттиков), и такое толкование для русской фамилии выглядит натяжкой.

Суффикс «-ик» в основе указывает на уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму: Скарлик — это «маленький скряга» или «хиловатый человек». Фамилия образовалась по стандартной модели: к прозвищу добавили патронимический суффикс «-ов», что буквально значит «сын Скарлика». Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где диалектные слова «скарла», «скарлый» были в ходу.

В дореволюционных списках и переписях фамилия встречается редко, что говорит о её локальном происхождении. Носители Скарликовых, вероятно, были крестьянами или мещанами из центральных чернозёмных губерний. Ударение, судя по аналогичным фамилиям (Скориков, Смирнов), падает на первый слог — Ска́рликова.