Фамилия Скарлыкина — женская форма, мужская — Скарлыкин. Её основа — прозвище или неканоническое имя Скарлыка, а корень, скорее всего, связан с диалектным словом «скарлык» (или «скорлык»). В русских говорах, особенно северных и уральских, так называли скупого, жадного человека, скрягу. Сравните с однокоренными фамилиями Скорлыкин, Скарлыгин — все они образованы от прозвищ с той же негативной характеристикой. Значение прозвища было прямым: «скарлыка» — тот, кто дрожит над каждой копейкой, скупец.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Скарлыкин буквально означал «сын Скарлыки» или «человек из семьи Скарлыки». Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В документах XVII–XVIII веков такие прозвища встречаются в переписных книгах, но фамилия Скарлыкина не относится к числу широко распространённых. Она редкая, очаговая: по данным современных справочников, носители сосредоточены в основном в Пермском крае и Кировской области. Это указывает на возможное происхождение из среды черносошных крестьян или посадских людей русского Севера и Приуралья.

Ударение в фамилии обычно ставится на второй слог: Скарлы́кин. Встречается и вариант Ска́рлыкин, но он менее характерен для литературной нормы. Интересно, что фамилия не имеет «дворянского» суффикса -ский и не попала в списки столбового дворянства — её носители почти наверняка были крестьянами или мещанами. В отличие от более известных фамилий того же корня (например, Скрябин, образованного от слова «скряга»), Скарлыкин сохранила более архаичную и узколокальную основу, что делает её ценным маркером для историков говоров и генеалогов.