Фамилия Скарлыгин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Скарлыгин происходит от прозвища Скарлыга. Оно ведет свое начало от глагола «скарать», который определяется В.И. Далем в «Толковом словаре живого великорусского языка» как «покарать, наказать». Прозвище образовалось при помощи суффикса «–ыга», который имеет неодобрительное значение. Вполне вероятно, что прозвище Скарлыга получил жестокий, деспотичный человек, который предпочитал всё решать самосудом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Скарлыга, со временем получил фамилию Скарлыгин. О точном месте и времени возникновения фамилии Скарлыгин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Скарлыгин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.