Фамилия Скарнякова — женская форма фамилии Скарняков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или профессиональным именованием предка по мужской линии. В основе лежит слово «скарняк» — так в некоторых русских говорах, особенно на северо-западе и в бывших новгородских землях, называли скупого, жадного человека, скрягу. Корень здесь тот же, что и в слове «скарёдный» (скупой, противный), а суффикс -як типичен для прозвищ, характеризующих человека по отрицательному качеству: гуляк, добряк, злыдняк. Таким образом, первый носитель фамилии Скарняков мог получить своё прозвище за чрезмерную бережливость или нежелание делиться.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным «скарб» — имущество, пожитки. В этом случае «скарняк» мог означать человека, который бережёт своё добро, или, наоборот, того, кто промышляет чужим скарбом (мелкий воришка). Однако в говорах слово «скарняк» зафиксировано именно в значении «скряга», что делает эту версию основной.

Географически фамилия Скарнякова встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Костромской, Вологодской и Кировской областях. Это указывает на её исконно русское, а не заимствованное происхождение. Суффикс -ов в мужской форме Скарняков говорит о том, что фамилия образовалась как притяжательное прилагательное: «чей сын?» — Скарняков, то есть сын Скарняка. Это типичная модель для русских фамилий, возникших в XVI–XVII веках в среде крестьян и посадских людей.

В отличие от многих фамилий, образованных от церковных имён, Скарнякова — редкий пример «характерологической» фамилии: она не указывает на род занятий или место жительства, а прямо называет черту человека. В старину такие прозвища не считались оскорбительными — они давались для точной идентификации и могли со временем закрепиться за потомками, утратив первоначальный негативный оттенок.