Фамилия Скарулис почти наверняка имеет литовское или латышское происхождение. На это указывает характерный суффикс -ис, который в литовском языке оформляет мужские фамилии в именительном падеже (сравните: Сабонис, Ландсбергис, Бразаускас). В латышском языке аналогичную роль играет суффикс -с, но в русской передаче фамилии на -ис и -с часто смешиваются. Таким образом, перед нами не исконно русская фамилия, а балтийская, адаптированная в русской среде.

Основа фамилии — слово «skara» (лит. «скара»). У него несколько значений, и выбор между ними зависит от того, какое прозвище дали первому носителю. Самое прямое значение — «лоскут», «тряпка», «ветошь». В этом случае Скарулис мог быть прозвищем бедного, неряшливо одетого человека или, наоборот, портного, работающего с обрезками ткани. Второе значение — «сухая ветка», «хворост», что могло указывать на занятие сбором хвороста или на худощавого, «сухого» человека. Третье, более редкое значение в литовских диалектах — «островок» или «клочок земли». Тогда фамилия могла закрепиться за владельцем небольшого, отрезанного от основного массива участка.

Сам суффикс -улис (-ulis) — распространенный литовский уменьшительно-ласкательный или прозвищный формант. Он придаёт основе оттенок «маленький», «младший» или просто снимает грубость прямого прозвища. То есть Скарулис — это не «лоскут», а «лоскутик» или «сын Лоскута». Такая модель типична для литовской антропонимии: от прозвища отца через суффикс образовывали фамилию сына, которая со временем закреплялась как родовая.

В России фамилия встречается крайне редко и локализована в основном в Калининградской области и на северо-западе страны — в зонах исторического расселения балтийских народов и их контактов с русским населением. Встречается также вариант написания Скарулис с ударением на первом или втором слоге, что зависит от местной традиции произношения.

Сословная принадлежность первых носителей Скарулисов на территории Российской империи, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Литовские и латышские крестьяне, получавшие паспорта и записывавшиеся в ревизские сказки, фиксировали свои фамилии именно в такой балтийской форме. Дворянских родов с этой фамилией в гербовниках не числится.