Фамилия Скаян — редкий пример, когда географический след важнее, чем прозрачная этимология. Если бы фамилия была русской по происхождению, её основа могла бы восходить к диалектному глаголу «скаять», то есть «соединить, спаять». В таком случае прозвище Скай получил бы мастер по металлу или человек, который умел мирить враждующих. Однако суффикс -ян в этой фамилии нехарактерен для великорусской модели. В русских фамилиях он встречается в основном в заимствованных или семинарских (Спасский, Троицкий), а в народной среде — лишь у крестьян севера и юга, но не как -ян, а как -анин/-янин. Поэтому гораздо вероятнее, что фамилия Скаян — армянская.

В армянском языке суффикс -ян (-յան) — самый распространённый патронимический показатель, означающий «родом из» или «принадлежащий к роду». Основа Ска- может восходить к имени собственному, топониму или прозвищу. Например, армянское слово «ска» (ска) означает «дар» или «подарок», а в диалектах — «щедрый». Имя Ска или Скай в качестве личного имени встречается в средневековых армянских источниках. Соответственно, Скаян — «из рода Ска», то есть потомок человека по имени Ска, которого нарекли так за щедрость или в честь дара.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В тюркских языках «скай» могло быть вариантом слова «скак» — «прыжок, скачок». Если фамилия возникла в среде крещёных татар или народов Кавказа, то Скаян могло означать «быстрый, резвый». Но здесь суффикс -ян скорее указывает на армянскую или азербайджанскую адаптацию, а не на исконно тюркскую модель.

Географически фамилия Скаян встречается в основном в Армении и среди армянской диаспоры. В России она редка: носители живут в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве — в местах, куда переселялись армяне в XIX–XX веках. Сословного происхождения фамилия не выдаёт: армянский суффикс -ян не различает дворян и крестьян, его носили и князья, и ремесленники. Поэтому предки Скаян могли быть и земледельцами, и торговцами, и священниками — это определяется только по местным архивам, а не по форме фамилии.