Фамилия Схобенко — редкий случай, когда основа не бросается в глаза и не поддаётся бытовой догадке. В ней сразу обращает на себя внимание начальное «сх», нетипичное для исконно русских корней, и украинский суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках активно формировал фамилии на Левобережной и Слободской Украине. Если бы мы искали фамилию в словаре, первым делом пришлось бы решить: Схоб- — это искажённое заимствование, местное прозвище или переосмысленное имя.

Самая правдоподобная версия связывает корень с немецкой фамилией Schobe или Schob. В XVIII–XIX веках на южные земли Российской империи приглашали колонистов из Германии — ремесленников, земледельцев, специалистов по горному делу. Фамилия Schobe могла попасть в украинскую среду, где её переделали на свой лад: прибавили типичный патронимический суффикc -енко («сын Шобе»), а начальное «ш» под влиянием местного произношения или при записи в документах превратилось в «сх». Так Schobe + енко дало Схобенко. Подобные случаи известны: от немецких Grund, Fischer, Schulz в украинской среде возникали Грунченко, Фiщенко, Шульженко.

Есть и другая, менее надёжная гипотеза: что основа восходит к диалектному глаголу «схобенить» — в некоторых говорах это означало «согнуть, скрючить» или «схватить, стащить». Тогда Схобенко — сын человека с прозвищем Схобень, то есть либо сутулого, либо хваткого. Но эта версия упирается в то, что глагол редкий и нигде не фиксируется как устойчивое прозвище в исторических источниках. Немецкое происхождение выглядит убедительнее ещё и потому, что фамилия почти не встречается в старых реестрах казаков или мещан — её носители появляются позже, в метриках XIX века, как раз в период активной миграции колонистов.

Географически Схобенко сегодня сосредоточена в центральных и восточных областях Украины (Черкасская, Полтавская, Днепропетровская) и среди потомков переселенцев в России. В украинских архивах XIX века можно найти отдельные записи о крестьянах и мещанах с этой фамилией, но ни о каком шляхетском или казачьем сословии речи нет — скорее всего, предки были либо свободными земледельцами, либо мастерами, получившими фамилию от отца с немецкими корнями.