Фамилия Скиданюк происходит от прозвища Скидань, которое восходит к глаголу «скидати» — то есть «нечаянно сбросить, уронить; снимать». Скорее всего, так называли неловкого, рассеянного или невнимательного человека. Но прозвище могло указывать и на род занятий: основатель рода вполне мог быть крестьянином, работавшим на уборке хлеба или сена, где постоянно приходилось что-то скидывать — снопы, копны, верхний слой.

Суффикс -юк в фамилии — типичный для украинской и западнорусской ономастики. Он указывает на сына или потомка: Скиданюк буквально означает «сын Скиданя». Такая модель образования фамилий была широко распространена на землях современной Украины и в южнорусских областях, поэтому географически фамилию стоит связывать прежде всего с этим регионом.

Родственную фамилию Скидан носил известный исторический деятель — Карл Павлович Скидан, полковник Запорожского войска, один из руководителей народного восстания на Украине против гнёта феодальной Польши в 1637–1638 годах. Он организовал повстанческие отряды на Киевщине и Полтавщине, но, поддержанный лишь частью казачества, потерпел поражение под Кумейками и Боровицей. Весной 1638 года Скидан вновь поднял восстание, однако был тяжело ранен в бою и взят в плен. Эта историческая параллель показывает, что прозвище Скидан бытовало в казацкой среде и не несло в себе ничего уничижительного.

Позже прозвище Скидань, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Так и закрепилась фамилия, которая сегодня звучит как Скиданюк.