Фамилия Скицунова — женская форма мужской фамилии Скицунов. Её основа — прозвище Скицун, которое вряд ли связано с «скитанием» или «скитом», как может показаться на первый взгляд. Куда вероятнее, что в основе лежит диалектный глагол «скицать» или «скичить» — в некоторых русских говорах это означало «бросать, кидать», а также «быстро двигаться, скакать». Прозвище Скицун могли дать человеку непоседливому, суетливому или тому, кто работал с резкими, отрывистыми движениями — например, метальщику сена или грузчику.

Суффикс -ун в русских прозвищах и фамилиях типичен для характеристики человека по действию: говорун, бегун, крикун. Скицун — тот, кто «скицает», то есть совершает действие, связанное с бросанием или резвым перемещением. Фамилия образована по самой распространённой в России модели — от прозвища на -ун прибавили патронимический суффикс -ов, а затем женское окончание -а.

Географически фамилия редкая. Встречается преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской областях, где диалектная лексика сохранилась лучше. Есть вероятность, что в отдельных говорах «скицать» означало «смотреть, высматривать» — тогда прозвище мог получить зоркий или наблюдательный человек. Эта версия менее убедительна, так как не подкреплена широким словарным материалом.

В дореволюционных метрических книгах фамилия Скицунов (и Скицунова) фиксируется с середины XIX века, преимущественно среди крестьян и однодворцев. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено — это говорит о простонародном, прозвищном происхождении. Носительница фамилии может считать себя потомком человека, которого в деревне знали по характерной повадке или занятию — скорее всего, по резвости, непоседливости или привычке бросать что-то с размаху.