Фамилия Скибунова — женская форма фамилии Скибунов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Скибун. Слово «скиба» в южных и западных русских говорах означало «щепка», «заноза», «отщепленный кусок дерева». Соответственно, Скибуном могли назвать человека, который занимался щепным промыслом — колол лучину, делал дранку или щепу для кровли. Такое занятие было распространено в лесных районах, где основным строительным материалом было дерево.

Суффикс -ун в русских прозвищах и фамилиях часто указывал на деятеля: говорун, скакун, плясун. Скибун — тот, кто скибует, то есть откалывает щепки или доски. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с украинским «скиба» — «полоса земли» или «межа». Тогда Скибуном могли назвать крестьянина, владевшего узким наделом, или человека, жившего на границе участков. Но первое значение — ремесленное — кажется более конкретным и правдоподобным для прозвища.

Фамилия Скибунов — относительно редкая. Её ареал тяготеет к южнорусским и украинским землям: Брянская, Курская, Белгородская области, а также восток Украины. Модель образования на -ов/-ев типична для русского крестьянского и мещанского сословия: фамилию давали по отцу (сын Скибуна → Скибунов). В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии Скибин, Скибкин, Скибенко — все они восходят к той же основе «скиба».

В отличие от большинства русских фамилий на -ов, здесь необычен корень с чередованием: скиб- / щеп-. Сравните: «щепка» и «скиба» — исторически один корень, разошедшийся в диалектах. Так что Скибунов, Щепкин и Щепунов — дальние родственники по происхождению.