Фамилия Скленин — одна из тех, где внешняя простота обманчива, а корень уводит в старые русские говоры и прозвища. Она образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — сын Склени. Основа здесь — прозвище Скленя, но вот от какого слова оно пошло, возможны варианты.

Самая вероятная версия связывает прозвище с диалектным глаголом «скленить» или «склянить». В северных и сибирских говорах это значило «звонить, бренчать, издавать стеклянный звон», а также «льстить, подлизываться» или «капризничать, ныть». Человек, получивший прозвище Скленя, мог быть либо докучливым попрошайкой, либо льстецом, либо обладателем зычного, «стеклянного» голоса. Второй, более прозаичный вариант — от слова «склянка» (стеклянный сосуд). Тогда Скленя — это стекольщик, торговец посудой или просто тот, кто постоянно носил с собой скляницу.

Менее убедительна, но встречается в любительских разборах версия от имени Склен, якобы сокращённого от древнерусского Скленоп — гипотетического варианта имени Склир (греческое «суровый»). Однако никаких документальных подтверждений этому в ономастике нет, и опора на реальные говоры выглядит надёжнее.

Фамилия редкая, её география тяготеет к северо-востоку России. Встречается в старых переписях Вятской губернии, а также в Сибири, куда переселенцы принесли говор с характерным «скленеть». Встречаются варианты написания через «я» — Склянин, но это уже другая, хотя и однокоренная фамилия. Суффикс -ин чётко указывает на то, что предок носителя был известен в своей общине под прозвищем Скленя, а значит, его характер или занятие дали повод для такого прозвища.