Фамилия Селенин — из числа тех, что образованы не напрямую от имени или ремесла, а от прозвища или мирского имени, связанного с животным миром. В её основе лежит слово «селень» или «селён» — так в некоторых русских говорах называли сельдь. Сразу оговоримся: тут нет связи с селом или деревней. Корень — тот же, что у слова «селёдка», но с характерным для северных и поморских говоров произношением.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Селенин буквально означает «сын Селена» или «человек из рода Селена». Прозвище Селень, скорее всего, дали рыбаку или торговцу рыбой — тому, кто промышлял сельдью или славился уловом. В Поморье, на Белом море, где сельдь была основой промысла, такие прозвища встречались нередко. Однако не исключён и более простой вариант: прозвище могли дать за худобу («худой, как селёдка») или за какой-то внешний признак.

Любопытно, что фамилия Селенин почти не встречается в центральных и южных областях России. Её география — преимущественно север: Архангельская, Вологодская области, Карелия. Это косвенно подтверждает версию о промысловом происхождении. В старых переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с таким прозвищем именно в тех краях.

В отличие от фамилий на -ов (Селёдкин, Сельдерев), модель на -ин здесь не случайна: прозвища на -а/-я (Селена, Селень) давали суффикс -ин, а не -ов. Это ещё один признак, что фамилия сложилась в народной, а не книжной среде. Селенины — не дворянский род, а потомки свободных крестьян, рыбаков и мещан Русского Севера.