Фамилия Селенинова — женская форма, а её мужской вариант Селенинов. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать словообразовательную модель. Суффикс -ов- указывает на типичную русскую патронимическую или прозвищную фамилию, образованную от основы, оканчивающейся на твёрдый согласный. Основа здесь — «Селенин» или, что вероятнее, «Селени(н)». Сразу отсекаем маловероятную связь с «селеном» (химическим элементом): в русских фамилиях основы от названий химических элементов — явление позднее, книжное и крайне редкое для крестьянских или купеческих родов. Куда логичнее искать корень в антропонимике или диалектной лексике.

Наиболее правдоподобная версия — происхождение от неканонического имени или прозвища Селёна. В старых русских говорах «селёна» могло означать «сельдь», а прозвища по названиям рыб давали людям с характерной внешностью (худой, вертлявый, «скользкий») или по роду занятий (рыбак, торговец рыбой). Форма «Селёна» через «е» под ударением (сравните: «селёдка») при записи в документах могла превратиться в «Селенина» — из-за аканья или просто из-за неграмотности писаря, который записал безударный звук как «и». То есть исходное прозвище Селёна (от сельди) дало фамилию Селенин, а от неё — Селенинов (буквально «сын Селенина»). Такая цепочка (прозвище → патроним → фамилия) типична для русской ономастики.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — связь с именем Селиван (Силуан, лат. Silvanus — «лесной»). В народном произношении «Селиван» могло перейти в «Селенина» через промежуточные формы (Селенин). Однако это объяснение требует допущения о том, что имя прошло через несколько этапов искажения, что редко для фамилий, фиксировавшихся уже в XVII–XVIII веках. Словарь Б. Унбегана «Русские фамилии» показывает, что основы от имён типа Селиван обычно дают фамилии Селиванов, а не Селенинов. Поэтому версия с прозвищем от рыбы выглядит надёжнее.

Географически фамилия Селенинов (и Селенинова) тяготеет к северным и центральным регионам России, где был развит рыбный промысел и бытовало слово «селёна». В переписях XIX века такие фамилии встречаются в Архангельской, Вологодской, Костромской губерниях. Носители могли быть крестьянами-рыбаками, мелкими торговцами или просто людьми, получившими прозвище за сходство с рыбой. Сословной принадлежности одной для всех не было — фамилия встречается и у крестьян, и у мещан.

Коротко: предок носителя фамилии Селенинов, скорее всего, имел прозвище Селёна (от сельди), а его потомки стали Селениновыми. Фамилия редкая, с яркой «рыбной» подоплёкой, и не имеет отношения к химии или космосу.