Фамилия Селенинов — редкий случай, когда основа почти наверняка не связана с прямым значением слова. На первый взгляд кажется, что в корне лежит «селена» — химический элемент, открытый в 1817 году. Но фамилии на -ов к тому моменту уже давно сформировались, поэтому версия с «селеном» отпадает сразу. Ещё менее вероятна связь с греческой богиней Луны Селеной — это книжное заимствование, не имевшее хождения в народной среде.

Реальная основа — диалектное или просторечное слово «селень» или «селеня». В русских говорах так могли называть вялого, медлительного человека, «соню» или «лентяя». Суффикс -ин- в фамилии указывает на принадлежность: Селенинов буквально значит «сын Селенина», а сам Селенин — человек, получивший прозвище Селеня. Модель образования стандартная: от прозвища на -я через притяжательное прилагательное с суффиксом -ин-.

В ономастике есть и другая, менее вероятная версия: от имени Селен, которое могло быть уменьшительной формой от Арсений (через усечение «Ар-»). Тогда Селенинов — «потомок Селена». Но для такого имени нет надёжных письменных подтверждений в исторических источниках, в отличие от прозвищной основы.

Фамилия очень редкая. Встречается в основном в центральных и северных областях России — там, где в говорах бытовало слово «селень». По сословной принадлежности предки Селениновых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: прозвища по характеру давали именно в простонародной среде, а не в дворянской.

У фамилии есть однокоренные «родственники» — Селенин, Селенов. Разница только в суффиксе: Селенин и Селенинов — варианты от одного прозвища, а Селенов мог образоваться от полной формы Селен. Все они хранят память о прозвище, которое когда-то метко описывало своего первого носителя.