Фамилия Скоблилкина — женская форма фамилии Скоблилкин. Её основа — прозвище Скоблилка, которое могло относиться к человеку с неуёмным, «скребущим» характером или к мастеру, занимавшемуся скоблением. В русских говорах «скоблить» означало не только чистить ножом, но и «бранить», «пилить» кого-то, а также «скряжничать». Прозвище Скоблилка давали либо въедливому, дотошному человеку, либо тому, кто постоянно ворчал и придирался.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: Скоблилкин — «сын Скоблилки». Такая форма типична для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Интересно, что фамилия могла возникнуть и от названия инструмента: скоблилкой называли струг или нож для обработки дерева, кожи. В этом случае фамилия указывала на ремесло предка — плотника, кожевника или бондаря, который работал со скобелем.

Географически фамилия редкая, с заметным тяготением к северным и центральным областям России, где были сильны архаичные говоры. Встречается в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях, а также в Поволжье. В дореволюционных метрических книгах Скоблилкины чаще всего записаны как крестьяне или мещане — сословная принадлежность типичная для прозвищных фамилий, не связанных с дворянскими родами.

Однокоренные фамилии — Скобликов, Скобельцын, Скоблин — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Скоблилкина выделяется именно уменьшительно-пренебрежительным суффиксом -лк-, который придаёт прозвищу бытовой, «домашний» оттенок: так могли назвать не просто скоблильщика, а человека с назойливой, «скребущей» манерой поведения. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели описаны как характерные для мирских имён, возникших в крестьянской среде.