Фамилия Скоркайте — редкий для России случай литовской по происхождению фамилии, которая сохранила свою национальную форму и не была обрусевшей. Её основа — литовское слово «skorkas» (скворец) или «skorkė» (самка скворца). В литовском языке фамилии на -айт (-aitė) и -уте (-utė) типичны для женщин, а мужские варианты оканчиваются на -ас (-as), -ис (-is) и другие. Скоркайте — это женская форма, означающая «дочь (или жена) Скоркаса». Мужской аналог — Скоркас — был бы прозвищем человека, чем-то напоминавшего скворца: возможно, за голос, повадки или внешность.

Такая модель образования — от названия птицы через прозвище — встречается во многих языках, но в русской среде фамилии на -айт нехарактерны. Они указывают на литовские корни носителя или на длительное проживание в зоне литовско-русского пограничья (современные Калининградская область, Литва, запад Беларуси). Если фамилия встречается в России, скорее всего, предки были литовцами или жемайтами, переселившимися вглубь страны в XIX–XX веках.

Интересная деталь: в литовской ономастике такие фамилии часто не закреплялись за родом, а менялись у женщин при замужестве. Скоркайте — девичья фамилия, которую после брака могли заменить на Скоркене (по мужу). Сохранение формы на -айт в документах говорит либо о том, что носительница не выходила замуж, либо о том, что фамилия была записана в советских паспортах уже как постоянная, без учёта традиции.

Учитывая редкость фамилии, её носители, вероятно, происходят из одной локальной группы — возможно, из окрестностей Каунаса или Паневежиса, где птичьи прозвища были распространены. Прямых аналогов в русском языке нет, но по смыслу Скоркайте близка к фамилиям Скворцов, Скворцова, но с другим суффиксом и национальным колоритом.