Фамилия Скоропунин принадлежит к типу русских фамилий, образованных от прозвища. В её основе лежит прилагательное «скорый» в значении «быстрый, проворный» и глагол «пунить» — слово, которое сегодня почти вышло из употребления. В старых говорах «пунить» означало «надувать, надуваться, пыжиться». Соответственно, Скоропуном могли прозвать человека, который быстро задирался, легко распалялся гневом или, наоборот, быстро набирался сил и спеси. Есть и другая, более бытовая версия: в некоторых регионах «пуня» — это сарай или сеновал. Тогда Скоропун — тот, кто быстро управлялся с хозяйством, скорый на работу по двору.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: к основе прозвища Скоропун добавлялся патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Скоропуна). Такой суффикс чаще встречается у фамилий, образованных от слов мужского рода на -а/-я или от прозвищ, оканчивающихся на согласный. В отличие от фамилий на -ов/-ев, где основа чаще оканчивается на твёрдый согласный, здесь мы видим типичную модель для прозвищ на -ун (ср. Говорун — Говорунин, Болтун — Болтунин).

Фамилия редкая. Она не встречается в списках массовых дворянских или купеческих родов, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Скорее всего, предки Скоропуниных жили в северных или центральных губерниях России, где сохранялась диалектная лексика. В современных справочниках фамилия отмечается как единичная, без привязки к известным историческим личностям. Её уникальность — в сохранении старого, почти забытого слова, которое через прозвище перешло в наследственное именование.