Фамилия Скорпио — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти не встречается в исторических документах до XX века и не вписывается в типичные модели русских фамилий, образованных от прозвищ или крестильных имён с помощью суффиксов -ов, -ин или -ский. Её основа — слово «скорпион» — сразу указывает на иноязычное, скорее всего итальянское или греческое, происхождение. В русской среде такое прозвище могли дать человеку с ядовитым языком, колким характером или, реже, занимающемуся ловлей или торговлей скорпионами (например, аптекарю, использующему их в лекарствах). Но куда правдоподобнее, что фамилия Скорпио — это итальянизированная или латинизированная форма, которую носитель получил или выбрал сам.

Вероятнее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде греков или итальянцев, живших в Российской империи, либо потомков выходцев из Средиземноморья. В итальянском языке Scорpio — это и «скорпион», и зодиакальное созвездие. Фамилия могла быть прозвищем, но также — искусственным образованием, принятым, например, семинаристом или священником при поступлении в духовное училище. В XIX веке в русских семинариях давали звучные фамилии по названиям животных, птиц, растений, а также по знакам зодиака — это был способ выделиться среди однофамильцев-крестьян. Скорпио в этом ряду стоит рядом с фамилиями Лев, Орлов или Рыба.

Форма Скорпио, а не Скорпионов или Скорпионский, выдаёт в ней необрусевший вариант. Обычно такие фамилии либо оставались без изменений (как, например, у греков или итальянцев), либо получали русский суффикс. Сохранение окончания на -о — признак того, что носители могли быть не из крестьянской, а из городской или духовной среды, где фамилию не переделывали «под русский лад». Географически Скорпио встречается в основном на юге России и в Крыму, что подтверждает связь с греческими или итальянскими общинами Причерноморья.

В современной России фамилия остаётся редкой. Её носители — это, скорее всего, потомки тех самых средиземноморских переселенцев или людей, получивших фамилию в семинарии. Разобрать точную этимологию без генеалогического поиска сложно, но главное — ясно: Скорпио не имеет отношения к древнерусским прозвищам, это привозная, книжная или прозвищная фамилия, прижившаяся в русской среде благодаря своей необычности.