Фамилия Скрабатун — редкая, и её разговорный, даже несколько шутливый звуковой облик сразу наводит на мысль о прозвище. В русском языке нет очевидного корня «скрабат-», поэтому логичнее всего искать объяснение в диалектах или в заимствовании из польского, украинского или белорусского языков.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Скрабатун, образованное от глагола «скрабатать» — в некоторых западных говорах это значит «скрести», «царапать», «чесать». Такое прозвище могли дать человеку с беспокойным характером, неусидчивому работнику, который всё делал наспех, «скрёб», а не делал основательно. Либо, наоборот, так называли скрягу, который «скребёт» по сусекам, копит каждую мелочь. Суффикс -ун в русских фамилиях (ср. Болтун, Говорун, Хвастун) указывает на деятеля, склонного к действию, названному глаголом.

Версия с польским влиянием тоже сильна. В польском языке есть слово «skrab» — «скряга», «скупец», а «skrabatun» могло быть экспрессивным производным. Если носители фамилии родом с запада современной России (Смоленщина, Брянщина) или из Беларуси, то польское происхождение прозвища — самое вероятное. Менее убедительна гипотеза о связи с литовским «skrabas» (сундук, ящик) — тогда прозвище мог получить сундучник или торговец, но это слишком натянуто.

География фамилии крайне узкая: Скрабатуны встречаются точечно в Беларуси, на Украине и на юго-западе России. Это типичная «семейная» фамилия, не разошедшаяся широко, что говорит о её позднем закреплении (вероятно, в XIX веке) и локальном бытовании. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилия не выглядит дворянской или духовной, в ней нет типичных книжных суффиксов (-ский, -цкий).

Таким образом, Скрабатун — это прозвище по действию или характеру, означавшее «человек, который скребёт, царапает» или «скряга». Фамилия сохранила живую, почти звукоподражательную энергию исходного слова, что делает её уникальной даже среди редких русских фамилий.