Фамилия Скробатун — одна из тех, что сразу привлекает внимание своей необычностью. Её основа — не имя и не географическое название, а живое прозвище, связанное с действием. В её центре — глагол «скробать», который в южнорусских и украинских говорах означает «скрести», «царапать», «чесать». Человек, которого прозвали Скробатуном, мог быть скребущим, то есть либо тем, кто постоянно чешется (возможно, из-за кожной болезни), либо, что вероятнее, мастером, занятым скоблением — например, кожевником, который очищал шкуры от мездры, или плотником, который скоблил доски.

Суффикс -ун в фамилиях и прозвищах — характерный маркер деятеля. Он образует названия людей по их привычному занятию или характерной черте: говорун, бегун, ворчун. Скробатун, таким образом, — «тот, кто скробает». Форма на -атун встречается реже, чем просто -ун, и может указывать на интенсивность или длительность действия (сравните с «кататун» — тот, кто катается). Это делает прозвище ёмким и выразительным.

Географически фамилия тяготеет к западно- и южнорусским регионам, а также к Украине и Беларуси. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в какой-то одной местности как индивидуальное прозвище, а позже закрепилась за родом. В польских и белорусских говорах есть слово «скробаць» с тем же значением, поэтому не исключено, что корни Скробатунов — в пограничье русских и западнославянских земель.

Официально фамилия оформилась, скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам и ремесленникам начали массово давать фамилии по прозвищам. До этого человека звали просто «Скробатун» в быту, а при переписи или в церковной книге записали наследственно. Сословно — это фамилия крестьянская или мещанская, без дворянских корней: слишком прямая и «ремесленная» основа.

Сравните с однокоренными фамилиями: Скробов, Скроботов, Скробач. Все они восходят к тому же глаголу, но различаются суффиксами. Скробатун — самая живая и образная из них, сохранившая в себе и действие, и характер того, кто его совершал.