Оно, в свою очередь, восходит к глаголу «скрести», который означает «чистить, скребя, скобля». Скорее всего, основатель рода Скребатун занимался чисткой, обработкой чего-либо (например, кожи). Одно из самых ранних упоминаний однокоренной фамилии относится к середине XVI века: в исторических документах записан Скребцов Семен Ларионов, который служил земским судьей в 1568 году в городе Двина.