Фамилия Скрипунков — один из тех случаев, когда прозвище застыло в суффиксе, а род занятий предков слышен в корне. Основа здесь — «скрипун» или «скрипунок». В русских говорах так называли человека, который постоянно скрипит: либо дверью, либо телегой, либо, что вероятнее, — сапогами. «Скрипунами» в XIX веке нередко дразнили сапожников, чья работа сопровождалась характерным звуком дратвы, или же просто носителей новой, ещё не разношенной обуви. Но есть и другая, более прозаичная версия: скрипуном могли прозвать ворчливого, надоедливого человека — того, кто «скрипит» на каждом шагу.

Суффикс -ов- в фамилии Скрипунков указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Скрипунков». То есть сын Скрипуна или Скрипунка. Форма с суффиксом -ок- (Скрипунок) в основе говорит о том, что прозвище могло быть уменьшительным или ироничным — не большой мастер, а подмастерье, молодой сапожник. В некоторых диалектах «скрипунок» означало и вид жука-древоточца, но такое прозвище для человека маловероятно: скорее уж переносное значение «непоседа».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям. В документах XVII–XVIII веков «Скрипуны» встречаются среди крестьян и посадских людей в Курской, Тамбовской и Рязанской губерниях. В этих краях сапожное ремесло было особенно развито, и прозвище по профессии давали часто. Значит, предок носителя фамилии Скрипунков с большой вероятностью был ремесленником, шившим обувь, — человеком, чей труд был слышен за версту.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Скрипников, Скрипаль — показывает, что Скрипунков стоит ближе к диалектной, «живой» речи, а не к книжному названию профессии. В ней больше бытовой меткости, нежели официального чина. Это фамилия не мастера-одиночки, а скорее подмастерья или работяги, чьё прозвище закрепилось за родом на поколения.