Фамилия Скрипуновы происходит от прозвища Скрипун, которое в старину давали не за голос и не за скрипящие сапоги. Основная версия связывает это прозвище с человеком, который постоянно скрипел — дверью, телегой, воротами или половицей. Так могли назвать того, кто не смазывал петли, или же просто обладателя раздражающей привычки издавать скрипящие звуки. Версия о скрипучем голосе или сапогах со скрипом менее правдоподобна: прозвища чаще отражали поведение или занятие, а не случайную особенность.

Словообразовательная модель проста: к прозвищу Скрипун добавили типичный славянский суффикс принадлежности -ов, получив фамилию Скрипунов. Такая модель указывает на то, что родоначальник был известен в своей общине именно под этим прозвищем, а его дети и внуки стали «Скрипуновыми», то есть «детьми Скрипуна». Суффикс -ун в основе прозвища встречается в русских фамилиях довольно часто и обычно указывает на деятеля: Болтун, Говорун, Молчун. В случае со Скрипуном это либо человек, который скрипит, либо тот, кто что-то скрипучее изготавливает — например, телеги или сани, которые без смазки издают характерный звук.

Фамилия Скрипуновы встречается преимущественно в центральной России и Поволжье. В старинных документах XVII века упоминаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Нижегородском и Костромском уездах. Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования каждой отдельной фамилии был длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Скрипуновы можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.

Родственные фамилии — Скрипалёв, Скрипкин, Скрипцов — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что говорит о широком бытовании подобных прозвищ в разных регионах. В отличие от них, Скрипуновы сохранили именно форму с -ун, которая подчёркивает активное действие: не просто скрип, а постоянное, назойливое скрипение. Эта деталь делает фамилию выразительной и живой, хотя в современном языке прозвище уже не воспринимается как обидное или насмешливое — оно стало просто родовым именем.