Фамилия Скрипунов происходит от прозвища Скрипун. В основе лежит глагол «скрипеть», а суффикс «-ун» в русских прозвищах обычно указывал на человека, который постоянно совершает действие, обозначенное глаголом. Так же образованы фамилии Болтунов, Молчунов, Ворчунов. В данном случае прозвище могло закрепиться за мастером, чья работа была связана со скрипом, — например, за тележником, который делал колёса и телеги, или за мельником, у которого постоянно скрипели жернова.

Согласно другой версии, прозвище Скрипун получил человек со скрипучим, звучным голосом. Эта гипотеза правдоподобна, но менее вероятна: прозвища по голосу чаще образовывались с другими суффиксами, а «-ун» всё же тяготел к обозначению профессиональных или поведенческих характеристик. Ещё одна версия — что Скрипуном звали того, кто носил сапоги со скрипом. Такое прозвище могло быть насмешливым, но как основа для фамилии оно встречается реже, чем ремесленное.

В старину прозвища с суффиксом «-ун» были широко распространены в северных и центральных русских говорах, поэтому фамилия Скрипунов встречается преимущественно в этих регионах. Слово «скрипун» в некоторых диалектах имело и переносное значение — так могли назвать ворчливого, надоедливого человека, который постоянно «скрипит» — то есть жалуется или ноет. Это добавляет ещё один смысловой оттенок к происхождению фамилии.

Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом «-ов», что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на согласный. Первоначально Скрипунов означало «сын Скрипуна», то есть потомок человека с таким прозвищем. В документах фамилия фиксируется с XVII века, когда крестьянские и посадские фамилии начали активно оформляться в наследственные.

В современном написании фамилия почти не менялась, сохраняя ударение на последнем слоге — Скрипуно́в. Это отличает её от некоторых однокоренных фамилий, например, Скрипин или Скрипкин, которые могли образоваться от тех же прозвищ, но с другими суффиксами. Таким образом, Скрипунов — фамилия с прозрачной внутренней формой, которая прямо указывает на прозвище предка, связанное либо с его ремеслом, либо с особенностью голоса или поведения.