Фамилия Скрыганова хранит память о прозвище дальнего предка — Скрыган. Это прозвище, в свою очередь, восходит к нарицательному слову «скрыга», которое, по данным исследователя М. Фасмера, этимологически связано со словом «скряга». Вероятно, прозвище отражало особенности характера: предок мог быть человеком бережливым, даже прижимистым. Однако это лишь одна из версий, и ономастика предлагает иные пути толкования.

Согласно другой гипотезе, в основе прозвища лежит глагол «скрыхтать». В словаре В. И. Даля он трактуется как «жать хлеб серпом». Если принять эту версию, то основатель рода Скрыгановых был крестьянином, а прозвище закрепилось за ним по роду занятий. Не исключено и третье объяснение: происхождение от белорусского слова «скрыгатаць», то есть «скрежетать, скрипеть». В таком случае прозвище мог получить человек со звонким, скрипучим голосом. Какая из гипотез правдоподобнее, сказать трудно: все три опираются на реальные диалектные слова, и выбор зависит от региона, где жил предок.

Сама модель образования фамилии типична для восточнославянской традиции: прозвище Скрыган plus патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность потомку человека с таким прозвищем. То есть Скрыганова буквально означает «дочь или жена Скрыгана». Суффикс -ан в прозвище придавал оттенок характерности, выделял носителя по яркому признаку — будь то черта характера, манера поведения или голос. Со временем прозвище закрепилось как основное именование, а затем легло в основу фамилии, передававшейся из поколения в поколение.

Среди известных носителей фамилии — Викентий Васильевич Скрыганов, военачальник, генерал-майор, Герой Советского Союза. Его биография подтверждает, что фамилия бытовала в разных социальных слоях, хотя изначально, судя по версии с «жать хлеб серпом», могла принадлежать крестьянскому роду. Впрочем, точную географию распространения фамилии проследить сложно: она встречается и в русских, и в белорусских землях, что согласуется с многовариантностью толкования основы.