Фамилия Скрыганов ведет начало от личного прозвища Скрыган, которое в старину играло роль неофициального имени. Точное значение этого прозвища сегодня установить сложно, и исследователи предлагают несколько версий, каждая из которых по-своему объясняет, за что человек мог получить такое прозвище.

Наиболее распространенная гипотеза связывает прозвище с существительным «скрыга». Этимолог М. Фасмер сближал это слово со «скрягой», то есть человеком бережливым, иногда до жадности. Если следовать этой логике, прозвище отражало особенности характера и поведения предка: вероятно, он умел копить и вел хозяйство расчетливо. Однако эта версия не единственная.

Вторая гипотеза отталкивается от глагола «скрыхтать», который в словаре В. И. Даля трактуется как «жать хлеб серпом». В таком случае основатель рода Скрыгановых мог быть крестьянином-земледельцем, и прозвище закрепилось за ним по роду занятий. Это объяснение выглядит правдоподобно, если учесть, что значительная часть русских фамилий образована от названий ремесел и сельских работ.

Третья версия уводит в белорусский язык, где есть слово «скрыгатаць» — скрежетать, скрипеть. Если принять эту версию, то прозвище могло закрепиться за человеком со звонким, скрипучим голосом. Такая характеристика нередко давалась людям в деревнях, где внешние и голосовые особенности быстро становились поводом для прозвища.

Какая из версий ближе к истине, сказать трудно. Возможно, прозвище возникло независимо в разных местностях и имело разные причины. Но в любом случае, прозвище Скрыган закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а его потомки со временем получили фамилию Скрыгановы по стандартной русской модели: к основе добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность роду. Среди известных однофамильцев — Викентий Васильевич Скрыганов, военачальник, генерал-майор, Герой Советского Союза.