Фамилия Скрыпин образована от прозвища Скрыпа. В основе лежит глагол «скрыпеть» (в диалектах — «скрипеть»). Прозвище могли дать человеку со скрипучим голосом, тому, кто ходил со скрипом (например, на деревянной ноге), или просто раздражительному, «скрипучему» по характеру. В русских говорах слово «скрыпа» встречается и в прямом значении — «скрипка»: так могли назвать музыканта-скрипача. Эта версия менее вероятна, но исключать её полностью нельзя, особенно если семья исторически связана с ремеслом или искусством.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Скрыпин — «сын Скрыпы». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. В южных и восточных регионах чаще встречался бы вариант Скрыпов.

В исторических документах фамилия фиксируется с XVI–XVII веков. В писцовых книгах Новгородской земли упоминаются крестьяне Скрыпины — это говорит о том, что фамилия изначально не была дворянской, а бытовала среди посадских людей и крестьянства. Позже, в XVIII–XIX веках, она встречается в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях.

Редкая черта фамилии — чередование «ы» и «и» в корне. В старых документах можно встретить написание «Скрипин» (от «скрипка» или «скрипеть»). Со временем закрепилась форма с «ы», что сближает её с северным произношением, где «ы» звучит твёрже. Если среди предков были мастера по дереву или кузнецы, прозвище могло отражать не голос, а звук инструмента или станка.

Однокоренные фамилии — Скрыпников, Скрыпалёв, Скрыптунов — встречаются реже и чаще указывают на занятие, а не на личную черту. Скрыпин же остаётся «личной» фамилией, где прозвище перешло напрямую к потомкам без дополнительных суффиксов профессии.