Фамилия Слегтин — редкая, и её корень почти наверняка связан с диалектным словом «слегта» или «слегтина». В русских говорах так называли жердь, тонкое бревно или слегу — длинный шест, используемый в строительстве, особенно для кровли. Человек, получивший такое прозвище — Слегта, — мог быть плотником, строителем или просто высоким и худым, как жердь. Фамилия образована по типичной модели: прозвище + притяжательный суффикс -ин, то есть «сын Слегты».

Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду, и в этой фамилии он стоит в полной форме, без усечения (Слегт-ин, а не Слегтов). Это говорит о том, что основа «Слегт-» (от «слегта») — женского или общего рода, либо прозвище оканчивалось на -а. Такие фамилии чаще встречаются в северных и центральных областях России, где слово «слега» было в ходу, а суффикс -ин типичен для фамилий от прозвищ на -а.

Есть и другая, менее вероятная версия: от глагола «слегтить» — в некоторых говорах означавшего «слегка ударить» или «сбить». Но она спорная, так как глагольная основа без суффикса -л- (Слегтил → Слегтин) встречается редко. Правдоподобнее всё же прозвище по ремеслу или внешности.

В дореволюционных переписях фамилия почти не встречается, что подтверждает её локальный и, возможно, поздний характер (XIX век). Носители Слегтиных, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из центральной России или Поволжья. Сравните с однокоренными фамилиями: Слегов, Слегин, Слега — все они образованы от того же слова «слега» и указывают на ту же профессиональную или бытовую среду.