Фамилия Слепунина образована от прозвища Слепуня. Чаще всего так в старину называли незрячего или очень плохо видящего человека, и фамилия напрямую указывает на эту внешнюю особенность предка. Однако это не единственное объяснение, и здесь скрыт интересный поворот.

Менее правдоподобная, но всё же встречающаяся версия возводит прозвище к нарицательному «слепень» — кровососущему насекомому. В таком случае Слепуней могли иронично прозвать назойливого, приставучего человека, который «липнет», как овод. Эта гипотеза слабее, поскольку прозвища от физических недостатков встречались в разы чаще, чем насмешки над характером через сравнение с насекомыми.

Сама модель образования проста и прозрачна: суффикс -ун- в основе (Слепун-я) характерен для прозвищ, данных по яркой черте человека, а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей-то сын, чей-то человек». Получается, что Слепунина — это буквально «дочь или жена Слепуни», а изначально фамилия закрепилась за потомками именно этого человека.

Исторические документы сохранили множество родственных прозвищ и фамилий, что подтверждает давнюю традицию именовать людей по этому признаку. В новгородских землях встречаем Слепень Ивана, крестьянина, запись 1572 года. Воевода Борис Матвеевич Слепец Тютчев упоминается в связи с походом на Двину в 1470—1478 годах. В Мещере в 1590 году жил Важен Дмитриевич Слепцов, а в Москве в 1578 году — Иван Борисович Слепцов. Отдельно стоит отметить Ивана Степановича Слепушкина, запись о котором относится к 1640 году и сделана в Верее. Эти примеры показывают, что прозвища с корнем «слеп-» бытовали в разных слоях общества — от крестьян до воевод, и не были редкостью.

Таким образом, потомок человека по прозвищу Слепуня со временем получил фамилию Слепунина. Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия хранит в себе память о конкретном человеке, которого окружающие выделяли по одной заметной черте, и эта черта оказалась настолько устойчивой, что закрепилась в родовом имени на века.