Фамилия Слепутин — одна из тех, что образована не от личного имени, а от прозвища, и прозвище это, скорее всего, связано с физическим недостатком. Основа — «слепута» или «слепут». В русских говорах так могли назвать подслеповатого, плохо видящего человека или того, кто щурится. Модель образования проста: к корню «слеп-» добавился суффикс -ут- (как в словах «голопутый», «толстопузый»), а затем фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «сын Слепуты».

Суффикс -ут- в прозвищах — редкий и выразительный. Он придаёт слову оттенок грубоватой характерности, часто с намёком на недостаток. Сравните: Косопуз, Голопуп, Кривоног. Слепута — это не просто «слепой», а именно человек с заметной, бросающейся в глаза особенностью зрения. В отличие от фамилий Слепцов или Слепнев, где суффиксы нейтральные (-ов, -ев), -ут-ин звучит конкретнее и, возможно, старше по происхождению.

Географически фамилия Слепутин тяготеет к южнорусским и центральным областям. Встречается в архивных записях по Тамбовской, Рязанской, Воронежской губерниям. В XIX веке носители фамилии — в основном крестьяне и мещане. Прозвище, лёгшее в основу, не обязательно означало полную слепоту: в быту «слепутой» могли назвать близорукого или того, кто плохо различает лица на расстоянии.

Других версий происхождения, заслуживающих серьёзного внимания, у этой фамилии нет. Связь с украинским «сліпутин» (тот же смысл) или с диалектным «слепуха» (слепень, насекомое) маловероятна: словообразовательная цепочка «слепута → Слепутин» лежит на поверхности и подтверждается моделью русских отпрозвищных фамилий.