Фамилия Слигун — одна из тех, где корень не лежит на поверхности. Она образована от прозвища, и чтобы понять его, нужно вслушаться в звучание. В русском языке глагол «слигать» или «слигнуть» имеет диалектное значение — «сболтнуть, сказать лишнее», «проболтаться», а в некоторых говорах — «слегка ударить, стегнуть». Человек, которого прозвали Слигуном, мог быть болтливым, не умеющим держать язык за зубами, либо, наоборот, прозвище могло закрепиться за тем, кто работал с прутьями, хлыстами, например, пастухом или погонщиком. Вторая версия менее вероятна, но фонетически возможна связь с украинским или белорусским «слиг» — «слепень» (насекомое), тогда прозвище могло характеризовать назойливого или надоедливого человека.

Модель образования проста и типична для восточнославянских фамилий: прозвище на -ун (Слигун) перешло в фамилию без дополнительных суффиксов. Это так называемые «прозвищные» фамилии, которые не прибавляли -ов или -ин, а сохраняли исходную форму. Такие фамилии чаще встречались на Украине и в южных областях России, где была распространена бессуффиксная модель. В северных и центральных регионах прозвище Слигун скорее превратилось бы в Слигунов.

По данным современных справочников, фамилия Слигун редкая. Она не фиксируется в массовых списках дворянских родов или известных исторических династий, что указывает на её крестьянское или казачье происхождение. Носители фамилии встречаются в основном в Беларуси и на юго-западе России, в частности, в Брянской и Смоленской областях — зоне, где пересекались русские и белорусские говоры.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Слигунов встречается чаще, а вот Слигун — более архаичная форма, сохранившая звучание прямого прозвища. Она не даёт однозначного ответа о роде занятий предка, но чётко указывает на его характерную черту — словесную невоздержанность или, возможно, профессию, связанную с хлыстом.