Фамилия Слипухина — женская форма фамилии Слипухин, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдаёт географию. Суффикс -их-/-ых (в данном случае -ух-) в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и почти всегда указывает на северные или северо-восточные регионы: Архангельскую, Вологодскую, Вятскую губернии. Такие фамилии закреплялись в среде крестьян и мещан, часто как прозвище целой семьи. Слипухин — не исключение.

Основа фамилии — прозвище Слипуха. В русских говорах слово «слипа» или «слипуха» могло означать слепого человека, того, кто плохо видит, щурится или косит глазом. Диалектное «слипый» — вариант «слепой» с характерным чередованием «е/и», распространённым в северных и сибирских говорах. То есть Слипуха — человек с плохим зрением, либо тот, кто прищуривается, «слипает» глаза. Прозвища по физическим особенностям давали охотно, и они легко переходили в фамилии.

Есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «слипуха» называли не человека, а растение — например, вид дикого лука или травы, вызывающей слезотечение. Но эта версия слабее: прозвища по растениям обычно образовывались иначе (Луков, Травкин), а модель на -уха типична именно для прозвищ людей. Поэтому основное значение — «потомок того, кого звали Слипухой», то есть слеповатого или подслеповатого предка.

Фамилия редкая. В дореволюционных справочниках и переписях она встречается эпизодически, в основном на севере европейской России и в Сибири, куда северян переселяли. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ухин упоминается как типично северная, но сама фамилия Слипухин не разбирается — это говорит о её локальности. В современной России носители фамилии рассеяны, но заметного кластера не образуют.

В написании возможна путаница: иногда встречается вариант Слепухин (с «е»), что ближе к литературному «слепой». Такая замена могла произойти при записи фамилии чиновниками, которые «исправляли» диалектное произношение. Оба варианта — однокоренные, но именно Слипухина — более архаичная, диалектная форма, сохранившая звучание северной речи.