Фамилия Смагунова — женская форма фамилии Смагунов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — прозвище Смагун. В русских говорах, особенно южнорусских и украинских, слово «смага» означало жар, зной, пламя, а также жажду или горький вкус. Отсюда «смаглый» — смуглый, загорелый до черноты, обожжённый солнцем. Смагуном могли прозвать человека с очень тёмной кожей, либо того, кто работал у печи или горна — кузнеца, обжигальщика кирпича, стеклодува. Вторая, менее вероятная версия, связывает прозвище с глаголом «смагати» (бить, хлестать) — тогда Смагун означал драчуна или задиру. Но первая версия, от цвета кожи или ремесла, выглядит убедительнее: она объясняет и географию фамилии, которая встречается в основном в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях и на востоке Украины — там, где южный загар был обычным делом.

Суффикс -ун в основе Смагун — характерный для русских прозвищ, обозначающих деятеля по характерному признаку или действию (ср. Болтун, Крикун, Грызун). Он указывает на устойчивое качество, а не на случайное событие. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Смагун + -ов, то есть «сын Смагуна». Ударение в исходном прозвище, скорее всего, падало на последний слог (Смагу́н), а в фамилии сместилось на предпоследний — Смагу́нов, что типично для русского ударения в фамилиях на -ов.

Интересная деталь: фамилия Смагунов (и Смагунова) не имеет отношения к белорусскому «смагнуць» (увянуть, засохнуть) — это омонимичная, но другая основа. В отличие от более распространённых «цветовых» фамилий (Белов, Чернов), Смагунов стоит в ряду редких, образованных не напрямую от прилагательного, а через деятельное прозвище. Среди носителей фамилии в XIX веке встречаются и крестьяне, и мещане, но сословная принадлежность предков сильно зависела от региона — в южных губерниях это были в основном государственные крестьяне или однодворцы, а не дворяне. Таким образом, Смагунова — фамилия, которая прямо говорит о внешности или профессии предка, и её корень «смага» до сих пор жив в диалектах.