Фамилия Смагинова — женская форма мужской фамилии Смагинов, и её происхождение напрямую связано с основой «смага». В русских говорах это слово имело несколько значений: жар, пламя, зной, а также горечь или едкость (например, «смага во рту» — чувство жжения или сухости). Человек по прозвищу Смага мог получить его за горячий, вспыльчивый нрав, за смуглый цвет кожи («смуглый» — тоже из того же корня) или за профессию, связанную с огнём — кузнечное или гончарное дело.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: Смагинов буквально значит «сын Смаги» или «из семьи Смагиных». Суффикс -ов здесь неслучаен: он характерен для фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на твёрдый согласный, но в случае со Смагой (основа на -г) исторически закрепился вариант Смагин. Однако Смагинов — это уже вторичная форма, возникшая, скорее всего, при оформлении фамилии в официальных документах: отчество Смагин превратили в полную фамилию с двойным суффиксом, что встречается в русской традиции нечасто, но объяснимо — так подчёркивали родовитость или различали однофамильцев в одной местности.

Географически фамилия Смагинов/Смагинова тяготеет к южнорусским и центральным областям — Курской, Орловской, Тамбовской, Рязанской губерниям. Там слово «смага» было в активном обиходе, и прозвище Смага фиксируется в писцовых книгах XVII века. В словаре Б. Унбегауна фамилия Смагин упоминается как производная от прозвища, но вариант с -ов встречается реже и может указывать на более позднее закрепление фамилии — уже в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по отцам.

Отдельного внимания заслуживает спорная версия: некоторые исследователи связывают «смагу» с тюркским корнем «смак» (вкус, удовольствие) или с диалектным «смачный» (вкусный, жирный). Но для русской фамилии это маловероятно: прозвище Смага в источниках всегда связано с огнём или жжением, а не с едой. Так что предки Смагиновых могли быть либо людьми с крутым нравом, либо ремесленниками, работавшими у горна — кузнецами, гончарами, плавильщиками. Написание фамилии устойчивое, без вариантов — только Смагинов/Смагинова, что облегчает поиск в архивах.