Фамилия Смагин произошла от личного прозвища Смага, и в этом она типична для русского именования XV–XVII веков. Основа прозвища — нарицательное «смага», то есть «сажа, копоть». Логика проста: так могли прозвать человека за смуглую, загорелую кожу, будто покрытую копотью. Реже высказывают версию, что Смагой звали кочегара, чья работа неизбежно пачкала лицо и руки сажей. Есть и более спорное предположение, связывающее имя со словом «смога» в значении «сила, одоление», но оно выглядит натянутым и убедительных подтверждений в источниках не находит.

Прозвище и фамилия встречаются в документах начиная с конца XV века. Среди ранних упоминаний — Иван Андреевич Смага Сатин (1495 год), некий Смага, холоп Сабуровых (1560 год), Иван Иванович Смагин из Арзамаса (1563 год), псковский подьячий Смага Вьялицын, казненный в 1570 году, и дворянин Михаил Дмитриевич Смага (1650 год). Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — от холопов до дворян, и не было привязано к одной местности.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Смагин буквально значит «сын Смаги», «человек из рода Смаги». Такая модель образования фамилий — одна из самых распространенных в русской ономастике, наряду с -ов и -ев. Потомок человека по прозвищу Смага со временем закрепил за собой фамилию Смагин, и она перестала быть простым указанием на отца, став родовым именем.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: фамилии в России складывались постепенно, на протяжении нескольких столетий, и один и тот же корень мог независимо дать начало однофамильцам в разных регионах. Однако ранние арзамасские и псковские записи позволяют предположить, что ядро фамилии формировалось в центральных и северо-западных землях. Сама фамилия — живой след древнего прозвищного пласта, который сохранился в языке до наших дней.