Фамилия Сагунова — женская форма от Сагунов, и её разговорная, «домашняя» природа видна по суффиксу. Мужская версия образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов, который буквально означает «чей?» — сын или потомок Сагуна. Значит, в основе лежит нецерковное имя или прозвище Сагун.

Ключ к разгадке — в южнорусских говорах. Слово «сагун» в курских, воронежских, ростовских диалектах означало «самогонщик» или «пьяница», «гуляка». Прозвище могли дать человеку, который гнал самогон, либо тому, кто любил выпить. Эта версия самая прямая и подкреплена географией фамилии: Сагуновы чаще всего встречаются на юге России и в восточных областях Украины, где диалектное слово было в ходу. Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями: «сагун» могло быть прозвищем от слова со значением «счастливый» или «здоровый» — в тех же южных регионах долгое время жили тюркские народы, и фамилии с такими основами не редкость. Однако бытовое прозвище по занятию или слабости выглядит правдоподобнее.

С точки зрения словообразования фамилия проста и прозрачна. Она не принадлежала к дворянским или духовным — её носителями были крестьяне, ремесленники, казаки. В документах XIX века Сагуновы фиксируются в основном как государственные крестьяне и однодворцы (потомки служилых людей на южных рубежах). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Сагу́нов, хотя в некоторых семьях могло закрепиться и на последнем.