Фамилия Смалякин образована от прозвища или нецерковного имени Смаляка. В её основе лежит диалектный глагол «смалять» — так в южнорусских и украинских говорах говорили «палить», «обжигать», «смолить». Прозвище Смаляка могли дать человеку, который работал со смолой или дёгтем, выжигал уголь, либо просто палил солому или стерню на полях. Вторая версия — так называли смуглого, темноволосого человека, словно «опаленного» солнцем.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Смалякин буквально означает «сын Смаляки» или «из семьи Смалякиных». Модель с -ин характерна для фамилий, образованных от основ на -а/-я, и типична для северных и центральных областей России, хотя сама основа «смаля» имеет южное происхождение. Это говорит о том, что носители фамилии могли мигрировать с юга на север, или же прозвище прижилось в тех краях, где смолокурение было распространённым промыслом.

Фамилия редкая. Встречается в основном на юге России — в Ростовской, Волгоградской областях, а также в Центральном Черноземье. В дореволюционных переписях Смалякины фиксировались преимущественно среди крестьян и однодворцев. Схожие фамилии — Смальков, Смаль, Смалянко — имеют ту же смысловую основу, но различаются по суффиксам и географии бытования.

Особенность написания: фамилия нередко встречается с одним «л» — Смакин, но это ошибочная запись при переписях. Правильная форма с двумя «л» и «я» в корне сохраняет связь с исходным прозвищем.