Фамилия Смолякин образована от прозвища Смоляка. В русских говорах так называли человека, который смолит — то есть добывает или обрабатывает смолу, либо того, кто постоянно пачкается в смоле, работает со смоляными изделиями. Смолокурение было распространённым промыслом в лесных регионах России, особенно на севере и северо-востоке: смолу гнали из сосновой коры и пней, она шла на пропитку дерева, изготовление дёгтя, смазку колёс. Прозвище Смоляка мог получить и сам мастер, и его помощник, и даже человек с тёмными, липкими от смолы руками — то есть не обязательно ремесленник, но и тот, кто часто имел дело с этим веществом.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Смолякин — «сын Смоляки», «из семьи Смоляки». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. В отличие от фамилий с суффиксом -ов/-ев, здесь не видно притяжательного значения от патронима (отчества), а именно прозвищная основа — то есть предка звали не Смол, а именно Смоляка.

В ономастике есть и параллельная фамилия Смолкин, но она может происходить от имени Смолка — уменьшительной формы от Смолен (из Смоленска) или от того же корня «смола». Смолякин стоит особняком: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Смоля́кин, хотя в некоторых регионах могли произносить и Смо́лякин.

Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда. В переписных книгах XVII–XVIII веков Смолякины фиксировались среди крестьян и посадских людей центральных губерний — Владимирской, Костромской, Ярославской. Там смолокурение было подсобным промыслом, особенно в лесных волостях. Дворянских родов с этой фамилией не отмечено, в родословные книги она не входила.

Спорных версий происхождения здесь немного. Можно предположить связь с географическим названием Смоляки — таких деревень несколько в Белоруссии и на Смоленщине, но фамилия Смолякин по модели образования скорее прозвищная, чем топонимическая: от названия села дали бы Смоляков или Смолянский. Поэтому версия с прозвищем смоляка — основная и самая правдоподобная.