Фамилия Смаркатин — редкая и с первого взгляда неочевидная. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу, а не суффикс: -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Смаркатин — «сын (или потомок) Смаркаты». Вопрос упирается в прозвище Смарката.

Самая правдоподобная версия связывает основу с диалектным глаголом «смаркать» — то же, что «сморкать» или «сморкаться». В северных и сибирских говорах это слово имело два оттенка: прямое (высмаркивать) и переносное — «высмеивать», «бранить», «журить». Прозвище Смарката могли дать либо человеку с привычкой шмыгать носом (такие прозвища по физиологическим особенностям — обычное дело в русской ономастике), либо, что интереснее, едкому насмешнику или ворчуну, который «смаркал» — то есть отчитывал и высмеивал окружающих.

Менее вероятна, но допустима связь с редким местным словом «смарка» — так в некоторых регионах называли мелкую рыбёшку или нечто незначительное, хилое. Тогда Смарката — прозвище невысокого или слабого человека. Эта версия слабее, потому что слово «смарка» в значении «рыба» почти не зафиксировано в словарях, а глагольная форма «смаркать» встречается устойчиво.

Фамилия почти наверняка крестьянская по происхождению, без дворянских корней. Географически она тяготеет к северу и северо-востоку европейской России: следы фамилии встречаются в старых переписях Вологодской и Вятской губерний, где диалектная лексика была особенно богата. Сравните с однокоренными, но более частыми фамилиями Сморкалов, Сморкачев, Смарков — все они из того же гнезда, но Смаркатин выделяется редким суффиксом -атин, который в русских фамилиях встречается реже, чем стандартные -ов или -ин.

Таким образом, предок носителя фамилии Смаркатин, скорее всего, получил прозвище за характер или за манеру поведения — был либо насмешником, либо человеком с «мокрым» носом, но в любом случае запомнился окружающим настолько, что прозвище перешло в фамилию.