Фамилия Смаркутский — редкий пример, в котором славянская модель словообразования наложилась на основу, звучащую совершенно не по-славянски. В ней сразу узнаётся типичный суффикс -ск- с окончанием -ий, указывающий на географическое или топонимическое происхождение. Такую фамилию мог получить либо помещик по названию своего имения, либо крестьянин, переселившийся из деревни или местечка с похожим именем. В польской, украинской и белорусской традиции фамилии на -ский были особенно распространены среди шляхты, но со временем стали массовыми у всех сословий.

Ключевой вопрос — что стоит в корне. Слово «Смаркут» не встречается в современных славянских языках как нарицательное. Самая вероятная версия: это сильно искажённая передача литовского или балтского прозвища. В Литве и на землях Великого княжества Литовского (современные Беларусь и Смоленщина) была распространена фамилия Smarkutis или Smarkūtis. Литовское «smarkus» означает «резкий», «бойкий», «порывистый», а суффикс -utis образует уменьшительные или семейные прозвища. При переходе в русскую или польскую письменную традицию «Смаркутис» легко мог превратиться в «Смаркут», а затем обрасти славянским окончанием -ский.

Менее правдоподобна, но возможна связь с диалектным глаголом «смаркать» (сопливить, пачкать) — в этом случае фамилия была бы образована от прозвища неопрятного человека. Однако против этой версии говорит как раз суффикс -ский: прозвищные фамилии от бытовых недостатков обычно оформлялись суффиксами -ов/-ев или -ин (Сморкалов, Сморкачёв). Вариант на -ский почти всегда привязан к месту.

По географии фамилия Смаркутский встречается точечно, в основном на западе России, в Беларуси и у потомков переселенцев из западных губерний в Сибирь. Это подтверждает связь с балто-славянским пограничьем. Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, жил в деревне или усадьбе, которую называли по прозвищу её основателя — резкого или бойкого человека по имени Смаркут (Смаркутис), либо сам был выходцем из такого места.