Фамилия Смусенко — яркий пример украинской модели фамилиеобразования на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала массово вытеснять более ранние патронимы. Суффикс -енко в буквальном смысле означал «маленький», «сын», а со временем закрепился как фамильный показатель. В основе фамилии лежит прозвище Смуса или Смусый, которое, скорее всего, восходит к украинскому прилагательному «смусий» — «смуглый», «темнокожий». Человека с такой чертой внешности и прозвали Смусом, а его детей или потомков — Смусенками.

Версия о связи с польским или белорусским словом «смусіць» (принуждать, заставлять) маловероятна: такая гипотеза не объясняет массовость фамилии в украинской среде и не находит подтверждения в исторических источниках. Куда правдоподобнее, что Смусенко — это «смуглый потомок», то есть фамилия, данная по отличительному признаку внешности, что типично для прозвищных фамилий Восточной Европы.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской. В России Смусенко встречается реже, чаще всего в южных регионах, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке. Сословная принадлежность у такой фамилии не прослеживается: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. В некоторых старых записях встречается вариант Смуса, от которого и пошла фамилия, но сама форма Смусенко закрепилась как стандартная.