Фамилия Снаган — редкий случай, когда славянская по форме фамилия почти наверняка имеет неславянское происхождение. В русском языке нет корня «снаг-» с понятным значением, и суффикс -ан, который выбивается из привычных моделей (-ов, -ин, -ский), указывает на то, что перед нами не исконно русская фамилия, а записанная на слух иноязычная.

Вероятнее всего, Снаган — это германизированная или прибалтийская фамилия, попавшая в русскую среду через письменные документы. Её основа могла восходить к немецкой фамилии Schnaagen, которая, в свою очередь, связана с нижненемецким словом «Schnake» — комар или мошка. В таком случае Снаган — это прозвище, данное человеку за назойливость, худобу или высокий голос. Другая версия, менее правдоподобная, но возможная для южных регионов, — связь с тюркским «санаган» (считанный, пересчитанный), что могло быть прозвищем сборщика податей или переписчика.

Суффикс -ан в русском языке обычно выполнял роль уменьшительную или пренебрежительную (как в словах «болван», «великан»), но в фамилиях он встречается редко. В данном случае его появление проще объяснить технически: при записи немецкого окончания -en на слух русский писарь передал его как «-ан». Так Снаган мог превратиться из Schnaagen.

Географически фамилия привязана к западным губерниям Российской империи, особенно к территориям современной Беларуси и Литвы, где было много немецких колонистов и где русские чиновники активно русифицировали иноязычные фамилии. Сословно носители Снаган скорее всего были мещанами или крестьянами — дворянские фамилии с таким корнем не фиксируются.

В современной России фамилия остаётся штучной. Её обладатели, скорее всего, потомки тех самых немецких или прусских переселенцев, чью фамилию в XIX веке записали по-русски на слух.