Фамилия Софикатов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд в ней слышится что-то греческое или восточное, но на самом деле это классическая русская фамилия, образованная по самой распространённой модели: от имени или прозвища через суффикс -ов.

Основа здесь — Софикат. Это имя или прозвище, а не искажённое «София». Скорее всего, перед нами вариант тюркского или арабского имени Сафикат (Сафият) — женского имени, означающего «чистая», «искренняя», «избранная». В мусульманских семьях такое имя давали дочерям. Но фамилия Софикатов — мужская, с окончанием -ов, то есть её получил потомок женщины по имени Софикат: «сын Софикаты». Такие случаи, когда фамилия образована от женского имени, встречаются, но реже, чем от мужских. Обычно это указывает на то, что мать играла заметную роль в семье (например, была вдовой или единственной кормилицей) или что имя было настолько распространено в округе, что стало родовым прозвищем.

Менее вероятная, но возможная версия — от мужского прозвища Софикат, которое могло возникнуть в среде старообрядцев или в южнорусских говорах. Глагол «софикать» (или «сафикать») в некоторых диалектах означал «шипеть», «свистеть», «дышать с присвистом». Человека с таким прозвищем могли назвать за манеру речи или за работу, связанную с мехами (кузнец, стеклодув). Но эта гипотеза слабее, так как диалектное слово плохо зафиксировано, а имя Софикат в документах XVIII–XIX веков встречается чаще, чем прозвище.

Географически фамилия тяготеет к регионам с традиционно смешанным русско-татарским населением: Поволжье, Приуралье, отчасти Оренбуржье. У астраханских и казанских татар женское имя Сафикат было в ходу, и русские писцы могли записать его на слух как «Софикат». Поэтому носители фамилии Софикатов, скорее всего, потомки крещёных татар или русских, живших в тесном соседстве с тюркскими народами. Сословно это могли быть государственные крестьяне или мещане — дворянских родов с такой фамилией не известно.

В написании фамилии возможен вариант «Сафикатов» (через «а» в первом слоге), но в современном русском языке закрепилась форма с «о» — под влиянием аканья или церковнославянского написания имени София. На слух фамилия воспринимается как «инородная», хотя по структуре она ничем не отличается от Иванова или Петрова.